El Colegio Hospitalario San Borja Arriarán, abrió sus puertas a partir de septiembre de 1998, con financiamiento propio, recibiendo el Reconocimiento Oficial del Ministerio de Educación en junio de 1999, a través de la Resolución Nº001674. siendo supervisada por el Mineduc, a través del Departamento Provincial Santiago Centro. Funcionó de manera interrumpida en el 2º piso del Hospital San Borja Arriarán hasta enero 2021, fecha en la que se produjo un lamentable incendio en las dependencias del recinto hospitalario, los alumnos debieron ser reubicados en otros Colegios de la Fundación Carolina Labra, siendo atendidos de manera remota.

Durante el 2022 el Colegio Hospitalario permaneció con receso temporal, autorizado por el Ministerio de Educación, retomando nuevamente sus funciones desde marzo 2023, entregando atención educativa a los pacientes-alumnos derivados por su médico tratante para matrícula, mayoritariamente niños del policlínico de oncología. También asisten pacientes de los diferentes servicios pediátricos, quirúrgicos y de neurología infantil que se encuentran hospitalizados.

El Colegio atiende a niños, niñas y jóvenes de los niveles pre escolar, básica y media, principalmente en sus camas de hospitalización, en actividades en el área de lenguaje, matemática y desarrollo del pensamiento y el aula con el curriculum oficial del Mineduc.